Desde sus inicios SexSalud ha ejecutado diferentes proyectos sobre: sexualidad, derechos sexuales y reproductivos, derechos de las personas que viven con el VIH ó SIDA prevención y capacitación sobre el VIH en diferentes grupos vulnerables (Hombres que tienen Sexo con Hombres, trabajadoras sexuales y niñ@s/adolescentes en situación de calle). También se realizaron estudios sobre las ITS y actividades educativas de alcance masivo.

Los proyectos fueron financiados por distintos cooperantes como: HIVOS, USAID, vía Procosi y Socios para el desarrollo, UNICEF, UNFPA, OPS; MINISTERIO DE SALUD, SNV, ONUSIDA vía PNUD, UNFPA,  CARE BOLIVIA, SAVE THE CHILDREN, CAAF (Children affected by AIDS foundation) y UNESCO.